1.未建立风险评估机制，风险管理体系不完善。在工程建设过程中，往往存在复杂多变的风险，如地质勘查不足导致施工基础条件发生重大变化、征地过程中与当地政府和居民发生纠纷、水源和燃料运输线路难于落实、工程施工安全事故、工程施工过程中的最大变更等。但是，由于一直以来工程管理的粗放性，缺乏专业人员对这些风险进行系统的分析并制定预控机制，往往事情发生后再“头疼医头，脚疼医脚”，最终导致工程延误或造价大幅增加。2.未对业务流程进行系统的梳理，未以业务流程为对象建立管理制度，管理制度的可操作性不强。目前工程管理方面的制度基本上是以部门职能为对象建立起来的，缺乏“业务流程化”的理念，一项完整的业务被认为割裂，往往导致各部门之间、与参建单位之间推诿扯皮，高层管理者疲于开各种工作协调会处理部门之间、与参建单位之间的关系；同时，管理制度不够具体细致，实际管理中过分依赖工作经验，往往造成工作的规范性不强。3.针对最高管理层逾越内部控制的防范机制缺失。工程项目领域腐败、舞弊情况多发的一个重要原因是，对最高管理层的约束机制不健全甚至缺失，缺乏阻止其铤而走险的防线。在重大决策、重大事项、大额资金支出时，往往一个人或者极少数人说了算、签了字就算，给心存侥幸的人创造了舞弊的机会。4.管理体系的监督评价机制不健全。工程建设过程中为了抢进度，往往牺牲工作的规范性，这甚至成为一种“工程项目管理文化”或者说“潜规则”。造成这种状况的一个重要原因是，缺乏对工程管理活动进行日常内部监督和评价的长效机制。这种监督和评价包括三个层次，第一个层次是业务管理部门和人员之间的监督，第二个层次是内部控制管理部门对内部控制执行情况的监督，第三个层次是内部审计部门的再监督。